С течением времени происходит заиливание скважины — водозаборная часть и фильтр засоряются, попадающим внутрь илом. Частицы ила настолько мелкие, что не улавливаются фильтром и проникают внутрь скважины, оседая на дно. Их постепенное накопление приводит к уплотнению и заполнению всё большей части скважины. При постоянном использовании скважины заиливание происходит медленнее, чем при сезонной эксплуатации. Засорение также может происходить по причине разгерметизации кессона или устья скважины, что приводит к попаданию внутрь загрязнений и посторонних предметов с поверхности. С ростом уровня заиливания дебет скважины уменьшается, что в конечном счёте может привести к загрязнению воды и постепенному прекращению её подачи вовсе.
Для устранения этой проблемы необходимо производить периодическую прочистку скважины.
Лучше осуществлять её своевременно, как только появляются первые неблагоприятные признаки — мелкие частицы загрязнений, оседающие на дно сосудов. Их наличие говорит о засоренности воды и о повышении нагрузки на систему фильтрации. Есть несколько способов прочистки: прокачка, промывка и продувка.
Метод прокачки заключается в выкачивании из скважины большого объёма воды, содержащей загрязнения и является наиболее аккуратным. Сливаемую воду можно собирать в любую удобную компактную ёмкость, оставляя скважину чистой. Устройство для прокачки — специальный насос, который в зависимости от класса способен выкачивать не только мелкие частицы грязи (песок, ил), но и небольшие камни диаметром до 5мм. Воду в скважине взбалтывают, чтобы ил равномерно распределился в ней, и начинают выкачивать опущенным на дно насосом.
Для осуществления промывки на дно скважины погружают колонну труб и пускают воду под большим давлением. Сильный напор воды размывает осадки в виде ила и другой грязи. При этом грязь с водой может выплёскиваться наружу неконтролируемо, пачкая всё вокруг скважины, что конечно является недостатком этого метода в сравнении с прокачкой. Продолжительность промывки зависит от запасов используемой для неё воды, а эффективность от поданного давления.
Способ продувки по принципу схож с промывкой, но отличается тем, что вместо воды из колонны труб подают воздух высокого давления (10-15 атм.). Это даёт свои преимущества в осуществлении прочистки, но как и в случае с водой, счищаемые загрязнения вылетают на поверхность по межтрубному пространству.
Так как при продувке и промывке используются напоры высокого давления, существует вероятность повреждения фильтра скважины. Поэтому наилучшим решением будет прочистка прокачкой.